La valorisation biologique consiste à récupérer les éléments fertilisants des déchets organiques pour améliorer la qualité des sols. Il existe plusieurs flux de déchets organiques :
- les boues (fumier, lisier, boues d'épuration),
- la fraction fermentescible des ordures ménagères (épluchures, etc.),
- les déchets fermentescibles de l’industrie agro-alimentaire,

- les déchets verts et sous-produits de l’agriculture (marcs, rafles de vendanges…).
Les déchets organiques de types fermentescibles et boues sont soient épandus directement sur les champs, soit transformés en composts.
Le compostage constitue une solution alternative au traitement des bio-déchets. L’utilisation du compost en agriculture aide à la protection des sols par une diminution d’utilisation d’engrais chimique. Déchets biodégradables et boues de stations d’épuration sont soumis à une fermentation accélérée, pour être transformés en compost de qualité. Une tonne de déchets valorisés fournit ainsi 400 kg de compost.